投资低效的原因主要有两个，第一，政府主导型经济仍没有很好地转向市场主导型经济。政府主导型经济的一个主要特征是对市场约束不敏感，也就是说对价格约束不敏感，生产资源无法在价格的指引下做到合理配置。政府主导型经济的另一个特征是对社会投资的干预。

　　第二，资本市场不发达。通过考察1990年代以来资本在各行业间的配置效率，大量研究表明，我国的资本配置效率非常低，说明我国的资本市场化水平偏低。资本市场化水平偏低的直接结果是资本市场无法对企业产生应有的约束力。研究表明，与其他发展中国家如印度相比，中国的投资主要以企业自有资金为主。从最近5年的宏观经济趋势看，企业自有资金投资在不断加重，银行、证券、外资及政府的投资比重在不断下降。75％的投资来源于企业留利及没有分配的资金。这是公司治理结构不健全的表现之一。